En la tercera entrega de la legendaria serie Mega Man, Mega Super hombre toma el control y tiene sus propias aventuras que pasar. De ello se sigue la tradición serie de tomar la parte posterior personaje del título a sus orígenes y ayudar a superar los errores del pasado. El juego se abre con el Dr. Wily y el Dr. Light, dos de los más poderosos villanos de la serie. Envían al médico para obtener información sobre el paradero de Mega Man y una vez que llega, se sorprendieron al verlo y su robot, Mega Man, de pie en su laboratorio. Dr. Light envía Mega Man para tratar con el Dr. Wily, pero Mega Man es capturado en el camino. Al llegar a la parte inferior del océano, Mega Man parte hacia la parte inferior del fondo del mar, pero se encontró con una misteriosa mujer, Sarah.
Al comenzar el juego, Mega Man está en la necesidad de nuevas armas y armaduras. Uno de los primeros artículos que recoge es un escudo llamado el Armagic. Este escudo da Mega Man mayor durabilidad y es muy útil durante la primera parte del juego cuando tiene que luchar contra algunos de los robots más duras. El Armagic es realmente muy bueno y es un arma muy necesario tener para la serie Mega Man. También hay otro elemento que puede ser recogido, un Mega Buster.
El juego también comienza a contar un poco más de la historia de Mega Man y el Dr. Wily. Mega Man se mete capturados por el ejército del Dr. Wily y su robot, Mega Man, se pone a trabajar. Dr. Wily lo quiere utilizar para accionar un brazo robótico gigante y está dispuesto a hacer lo que tiene que con el fin de hacerse con él. Finalmente, después de varios intentos, Mega Man logra escapar y enfrentar el Dr. Wily en su oficina. Él se sorprendió al encontrar al Dr. Wily disfrazado y que está casi eliminado de la oficina antes de Mega Man se las arregla para poner fin al plan del Dr. Wily. Aparecen los créditos y Mega Man es visto sentado en el fondo del océano en la que nació, mirando el mar. Mega Man a continuación, se duerme y se despierta para descubrir que tiene un amigo llamado Sombra que está tratando de ayudarlo a escapar.
