Mega Man 3 è l'ultimo gioco della serie, e in questo si deve fermare Dr. Wily di distruggere il mondo con una bomba a tempo sperimentale. Riesce anche a sfuggire al passato, quindi bisogna tornare viaggio al futuro per fermarlo una volta per tutte. Il gioco è un po 'diverso dagli altri giochi della serie, come non si tratta di sconfiggere i nemici, ma piuttosto di trovare armi, robot e altri oggetti, che sono sparsi in tutto le fasi del gioco. È possibile utilizzare questi per guadagnare vite extra per continuare a giocare fino a raggiungere la fine della fase o di raggiungere il punto in cui si perde.
La trama di Super Mega Man 3 è di circa il primo Dr. Wily, che è l'antagonista principale della serie. Nei giochi precedenti, era conosciuto come Dr. Light, ed è stato un cattivo, piuttosto che un eroe. In questo è diventato un cattivo perché lui è fuori per vincere il potere per se stesso, che secondo lui è giustamente la sua. Si tratta di un cambiamento importante nella serie, come molti dei giochi precedenti trattati salvare il mondo da persone malvagie, che a loro volta stavano distruggendo il mondo. Ma il dottor Wily era un cattivo prima, quindi perché ha cambiato?
Ci sono diversi elementi che rendono questo gioco unico. Il primo di questi è il modo in cui sconfiggere i tuoi nemici, dal momento che non sono solo nemici regolari che si lotta contro i robot, ma laser che sparano a voi. Un'altra caratteristica è che quando li colpisci esplodono, come fanno in alcuni dei vecchi giochi della serie. Un altro aspetto è la possibilità di aggiornare le armi ei padroni del gioco. E 'molto interessante e vi terrà sulle spine, come c'è sempre un nuovo trucco che è possibile utilizzare per battere i tuoi nemici.
